2005년, 설립자와 총장이 비리로 기소되었다. 교수 임용과정에서 1인당 1억여원씩 돈을 받았고, 공사비도 허위로 부풀린 것이다. 특히 대학 등록 과정에서 등록비를 넣었다가 다음날 빼는 일을 반복하다가 그때까지의 부정이 한꺼번에 지역사회에 알려졌으며, 당연히 이런 문제점들로 자연히 학교는 엉망이 되었다. 공사업체 사장과 재단은 아는 사이였으며, 이들이 기숙사비를 횡령해서 기숙사에 전기, 가스, 수도가 모두 끊기는 사태까지 벌어졌다
그런데 아시아대학교가 유명해진 것은 폐교 때문만이 아니다.교육 당국으로부터 학생 처리 대책 제출 요구와 검찰의 추가 수사를 우려한 재단 측 관계자들이 학생 처리 대책을 제출하지 않고 장부 외에 학생 관련 서류를 완전히 찢어버리고 컴퓨터 기록까지 완전히 지워버린 후 도망쳐버려서 학생들의 학적 기록이 모두 사라진 탓에 재학생들의 최종 학력은 그대로 고졸이 되었으며 아무 죄도 없는데 출학당한 것과 비슷한 효력을 가지게 되었다